هنگامی که مصری ها از مرگ خشایارشا مطلع شدند و از کشمکشی که بر سر جانشینی او درگرفته بود آگاه شدند، تصمیم گرفتند برای آزادی خود بجنگند. بنابراین بی درنگ سپاهی فراهم کردند و بر ضد پارسیان علم طغیان برافراشتند. افراشتن علم طغیان به این ترتیب است که ابتدا به جای احترام گذاشتن به شاه به او بی احترامی می کنند، سپس به دستورهایی که شاه می دهد بی توجهی می کنند و سپس مامورانی را که می خواهند این دستورات را اجرا کنند گوشمالی می دهند، سپس ماموران و دبیران و بقیه ای را که مسوول مالیات و خراج و امور نظامی و اداری هستند می کشند یا اخراج می کنند و بعد هم یک نفری را از بین خودشان شاه می کنند و خودشان می شوند مسوول مالیات و خراج و امور نظامی و اداری و بقیه چیزها. مصری ها هم دقیقاً همه این کارها را انجام دادند.
آنها شخصی به نام ایناروس را شاه کردند. ایناروس اول سربازان مصری را به خدمت گرفت اما بعد که اوضاعش بهتر شد سربازان مزدور زیادی از سرزمین های دیگر توی سپاهش آورد. به این ترتیب سپاهش خیلی نیرومند شد. او نمایندگانی هم به آتن فرستاد تا درباره اتحاد با آنان وارد مذاکره شود و به آنان قول داد در صورتی که مصر را آزاد کنند آنان را در حکومت شریک کند و پاداشی چندین برابر بیشتر از کمکی که آنان کرده اند به آنها بدهد. آتن که دیگر برای شاه پارس تره هم خرد نمی کرد و چشمش دنبال گندمی بود که از تنگه ها می رسید با مصر متحد شد و با شور و اشتیاق فراوان شروع به تدارکات برای لشگرکشی کرد. این شد که آتنی ها ۲۰۰ کشتی را به فرماندهی کیمون از قبرس به طرف مصر حرکت دادند.
در این میان اردشیر چون خبر شورش مصریان به گوشش رسید مصمم شد قوای نظامی اش را از مصریان بیشتر کند. اردشیر هخامنش، پسر داریوش و عموی خود را به فرماندهی جنگ با مصریان برگزید و بیش از ۳۰۰ هزار سرباز پیاده و سواره نظام در اختیارش قرار داد ولی چون این جور فامیل بازی ها فقط به درد دوران صلح و خوشگذرانی می خورد سپاه وی شکست خورد و تلفات سنگینی در لتوپولیس متحمل شد و هخامنش نیز در سال ۴۵۹ ق م کشته شد. اردشیر چون خبر شکست قوای خود را شنید خواست به آتنی ها رودست بزند. با همین نیت چندتن از دوستان خود را با پول زیادی نزد اسپارتیان فرستاد و از آنها خواست به آتیک حمله کنند تا به این ترتیب آتنی ها برای دفاع از شهرشان هم که شده مجبور به بازگشت شوند. اسپارتیان هم که به نوبه خود در دوران بی جنبگی خود در روابط با پارس به سر می بردند نه پول ها را قبول کردند و نه به درخواست پارسیان وقعی نهادند.
اردشیر که از کمک اسپارت ناامید شد در تدارک نیروی تازه نفس برآمد. این بار ارتبازوس و مگابوزوس را که از سرداران برجسته بودند به فرماندهی منصوب کرد و آنان را به مصر گسیل داشت.
در این مدت آتنی ها و مصری ها همچنان آن پارسی های فرارکرده را که در قلعه سفید پناه جسته بودند در محاصره داشتند. (به این هم می گویند کار غیراصولی) تا اینکه سپاه پشتیبانی پارس به ممفیس رسید و محاصره قلعه سفید شکسته شد و یونانیان از ممفیس بیرون رانده شدند.
تمام مصر دوباره زیر فرمان شاه درآمد. ایناروس، شاه لیبیایی ها، که مصریان را به شورش برانگیخته بود هم بر اثر خیانت دور و بری هایش دستگیر شد. اردشیر هم داد او را مصلوب کنند.
اوضاع و احوال بین آتن و شوش به همین منوال ادامه داشت تا اینکه هیاتی به سرپرستی کالیاس به شوش اعزام شد. این چند نفر مامور بودند وضع موجود بین آتن و پارس را روشن کنند و ببینند اوضاع و احوال بین پارس و یونان از چه قرار است. این اتفاق کمی بعد از به شاهی رسیدن اردشیر بوده است. بعد از رایزنی های دیپلماتیک و البته لشگرکشی های غیردیپلماتیک بسیار نهایتاً پیمانی معروف به صلح کالیاس بین پارس و یونان منعقد شد که ممکن است به سال ۴۴۹ ق م منعقد شده باشد. دیودوروس سیسیلی می گوید شرط های اصلی آن به قرار زیر بود:
تمام شهرهای یونانی آسیا خودمختار باشند، فاصله های ساتراپ های پارسی با دریا نباید کمتر از سه روز مسافرت باشد، هیچ کشتی پارسی داخل و غرب فاسلیس در لوکیا یا صخره های کوانه در بیزانس در مدخل دریای سیاه بادبان نیفزاید و اگر چنانچه شاه و سردارانش این شرط ها را مراعات کنند آتنی ها به سرزمین هایی که شاه بر آنها حکم می راند سپاه نمی فرستند. در نتیجه صلحی که به وجود آمد شاه بزرگ ناگزیر شد از شهرهای ایونی اتحادیه صرف نظر کند. سربازان پارسی از این پس نمی توانستند از قزل ایرماق تجاوز کنند.