بطور کلی می توان کویرهای ایران را براساس خصوصیات عمومی سطح آنها به ۷ گروه زیر طبقه بندی نمود. البته این طبقه بندی همیشه کاملا مشخص نیست و گاهی خصوصیات برخی از گروهها با هم همپوشی دارند. بطور کلی انواع A یعنی کویرهای رسی و E یا کویرهای نمک و G یا کویر دریاچه های دایمی کاملا مشخص هستند و می توانند در گوشه های یک مثلث قرار گیرند. از طرف دیگر انواع B و F یعنی کویرهای رسی خیس و دریاچه های موقت در طبقه بندی فوق، در حد واسط بین انواع A و G قرار دارند و نوع C یا کویرهای رسی همراه با نمکزار بین A و E قرار دارد.
نوع D یا کویرهای رسی خیس همراه با نمکزار می تواند در مرکز مثلث قرار بگیرد. برای انواع کویرهای اختصاصی، مثل کویرهای همراه با مخروط افکنه دلتایی، کویرهای C خیس همراه با نمکزار ولی بدون صفحات رسی و یک کویر با یک دریاچه دایمی و یک دریاچه فصلی کنار گذارده شده اند. نوع D یا کویرهای رسی خیس همراه با نمکزار می تواند در مرکز مثلث قرار بگیرد. برای انواع کویرهای اختصاصی، مثل کویرهای همراه با مخروط افکنه دلتایی، کویرهای C خیس همراه با نمکزار ولی بدون صفحات رسی و یک کویر با یک دریاچه دایمی و یک دریاچه فصلی کنار گذارده شده اند.
الف) گروه A: کویرهای رسی
به استثنای کویر سبزوار که مخروط افکنه دلتایی نیز دارد، بر روی سطح کویرهای این گروه غیر از صفحات رسی هیچ نوع پوشش دیگری دیده نمی شود.
تعداد کویرهای متعلق به این گروه ۲۷ عدد است که برابر با ۴۵ درصد تعداد کل کویرها و ۱۴ درصد سطح کل کویرهای ایران می باشد. ۳۹ درصد سطح کل صفحات رسی کویرهای ایران در این گروه قرار گرفته است. سطح صفحات رسی در این کویرها از ۳۵ تا ۲۱۰۳ کیلومتر مربع تغییر می نماید که مورد دوم آن متعلق به کویر سبزوار است.
این گونه کویرها بیش از همه در شبکه داخلی ایران گسترش دارند. چگونگی پیدایش این گونه کویرها شبیه سایر کویرها است. مگر آنکه تکامل آنها بوسیله نمک بیشتر رسوبات و عمق آب زیرزمینی آنها تغییر نماید. برای تشکیل یک کویر رسی به چاله بسته ای نیاز است که از نظر هیدرولوژیکی میزان تبخیر آن دیر یا زود زیادتر از میزان هرزابهای وارده به آن خواهد شد. ممکن است این نوع کویرها بستر یک دریاچه قدیمی و یا باطلاق فصلی باشند که سطح آنها بصورت موسمی حاوی قشر نازکی از آب باشد که رسوبات ریز مخروط افکنه آبرفتی را نیز با خود حمل می کند. البته همیشه تمیز بین این دو نوع تکامل، بخصوص وقتی رسوبات آن یکدست نبوده و بطور ضعیفی تفکیک شده باشند آسان نیست.
به استثنای کویرهای نیریز و شیراز که اطراف آنها را نوار ساحلی تکامل یافته ای فرا گرفته است، در اطراف کویرهای ایران چنین آثاری دیده نمی شود. بنابراین می توان تصور نمود که سطح کویرهای داخلی ایران را در دوره های مرطوب گذشته، فقط آب کم عمیقی فراگرفته بوده است. در نتیجه چنین به نظر می رسد که کویرهای رسی بر اثر تجمع لایه های نازک از مواد ریز فصلی رشد نموده اند و وجود لایه های درشت تر در این رسوبات نشان دهنده طغیانهای غیرعادی بر روی این صفحات است. پس از تشکیل، کویرهای رسی ممکن است براثر تغییر شرایط هیدرولوژیکی، بر اثر تغییر شرایط جوی، و یا تغییر شکل چاله، تغییر یابند مثلا تشکیل صفحات باد کرده بر روی آنها و یا توسعه گیاهان فرآتیک بر روی بعضی نقاط آن و بالاخره تشکیل کپه هایی از گیاهان فرآتیک بر اثر بالا آمدن سطح آب زیرزمینی بر روی این صفحات، در حالی که پایین رفتن سطح آب زیرزمینی موجب سخت شدن بیشتر صفحات رسی می گردد. ایجاد حرکات تکتونیک بر روی این صفحات و یا جریان هرز آبهای سطحی بر روی این نوع کویرها می تواند موجب تشکیل بریدگیهایی بر روی سطح آنها بشود. تغییرات دیگر سطحی در بخشهای قبل مورد بحث قرار گرفته است.
ب) گروه B: کویرهای رسی خیس
کویرهای این گروه دارای صفحات رسی و حوزه خیس هستند. در واقع مواد تشکیل دهنده این کویرها با کویرهای رسی شبیه است، با این تفاوت که سطح قسمتی از آن (حوزه خیس) پایین تر از سطح آب زیرزمینی تابستانه است. تعداد کویرهای این گروه پنج عدد است که ۸ درصد سطح این کویرها و یا دو درصد سطح کل کویرهای ایران را شامل می شود. وسعت سطح آنها بین ۱۷۰ تا ۴۲۵ کیلومتر مربع در تغییر است که مورد دوم آن به سطح کویر شمال غربی سیرجان تعلق دارد .
نوار خیس موجود بر روی سه کویر آن (کویرهای سیاه کوه، کویر شمال غربی زرین و کویر میدان گل) در مجاورت مخروط افکنه آبرفتی قرار دارد و در دو مورد کویر دیگر (کویرهای گنوگون و کویر شمال شرقی زرین) نوار خیس حد میانی صفحات رسی قرار گرفته است. کویرهای پنجگانه فوق الذکر قسمتی از سه آبخیز داخلی ایران را که از نظر شرایط جوی مناسبتر از آبخیزهای جنوب شرقی است پوشانده اند .
در مورد ۴ کویر از کویرهای پنجگانه فوق الذکر شواهد موروفولوژیکی نشان می دهد که حوزه خیس آنها در سالهای اخیر وسعت بیشتری یافته اند و در یکی از آنها شواهد لایه بندی نیز نظریه فوق را تایید می نماید. همه این ارقام نشان دهنده آن است که کویرهای رسی خیس از کویرهای رسی و بر اثر بالا آمدن سطح آب زیرزمینی در سالهای اخیر بوجود آمده اند.
ج) گروه C: کویرهای رسی همراه با نمکزار
بطوری که از عنوان فوق نیز بر می آید، سطح این کویرها از صفحات رسی و نمکزار پوشیده شده است و کویر میدان لوار (۵۴) از جمله این کویرها است. تعداد این کویرها در مجموع ۷ عدد می باشد که ۱۲ درصد تعداد کل کویرها است و سطح آنها برابر با ده درصد سطح کل کویرهای ایران می باشد. وسعت سطح کویرهای این گروه بین ۱۶۲۵ ۱۱۵ کیلومتر مربع در تغییر است.
در کویرهای کف و میدان لودار، موقعیت نمکزار، حاشیه ای است، در حالی که در پنج کویر دیگر یعنی کویرهای اردستان شمال شرقی عقدا بافق سیرجان دارای موقعیتی مرکزی است. به استثنای کویر کف که در حد مرزی ایران و افغانستان قرار گرفته است، سایر کویرهای این گروه در آبخیزهای یزد و اصفهان قرار دارند و همه این کویرها از نظر میزان بارندگی سالیانه و هرز آبهای سطحی نسبت به بیشتر کویرهای سیستم زهکشی داخلی ایران وضع بهتری دارند.
کویرهای رسی همراه با نمکزار عموما در چاله و آبخیزهایی قرار دارند که دارای سنگهای دوره میوسن و بدون شک تبخیری هستند. همه کویرهای آبخیز یزد، نمکزارهایی دارند که در سالهای اخیر اطراف آنها را بطور موضعی نوار سفیدی از نمک تازه فرا گرفته است. جریان چشمه ها بر روی کویر قدیمی کف و تشکیل حفره های کارستی محدود بر روی نمکزار آن و شور شدن سطح صفحات رسی کویر سیرجان ، همه نشان دهنده آن است که سطح آب زیرزمینی در هر دو کویر فوق در سالهای اخیر بالا آمده است.
تمام این مشاهدات نشان می دهد که در سالهای اخیر در این کویرها، به دنبال یک دوره خشک، میزان هرز آبهای سطحی افزایش یافته و سطح آب زیرزمینی آنها بالا آمده است. چنین به نظر می رسد که کویرهای رسی همراه با نمکزار، حد واسطی بین کویرهای رسی و کویرهای نمک هستند و در درجه اول بوسیله موقعیت سنگهای دوره میوسن کنترل می گردند. سنگهای تبخیری دوره میوسن و قشر نمکی در آبخیز یزد به طرف جنوب کاهش می یابد.
